Pediatrik cerrahi, doğum kusurlarının cerrahi bakımının yeni teknikler ve yöntemler gerektirmesi ve daha yaygın olarak çocuk hastanelerine dayanması nedeniyle 1879’da ortaya çıktı. Bu yeniliğin ilk başladığı yerlerden biri Philadelphia Çocuk Hastanesi idi. 1940’larda C. Everett Koop’un cerrahi liderliğinde başlayarak, bebeklerin endotrakeal anestezisi için daha yeni teknikler ve daha önce tedavi edilemeyen doğum kusurlarının cerrahi onarımına izin verdi. 1970’lerin sonlarında, bazı ana konjenital malformasyon sendromlarından kaynaklanan bebek ölüm oranı neredeyse sıfıra düşürüldü.
